原料经过预处理后，直接进入冷冻系统。根据使用的超低温速冻机和速冻设备，可在包装前冷冻或包装后冷冻。冻结系统有不连续(体)、半连续和连续的管道。商用速冻设备包括：1鼓风机式冰柜，主要使用流态化冷柜(盘式或带式)和固定式冷冻机；2金属表面接触式速冻机，主要使用水果超低温速冻机；3液体蒸发式冷冻机，主要使用卧式液氮冷冻机。速冻系统的选择应从产品质量和经济性两方面考虑。水果超低温速冻机的冷冻系统对产品质量的影响主要表现在冷冻速度和干耗两个方面。
　　采用预包冻法，大部分流化床用于实现水果的快速冷冻，得到的产品松散。在-26至-30°C的温度下，当产品厚度为30至40毫米时，蓝莓、覆盆子、草莓和樱桃的冷冻时间仅为4至15分钟。液氮冻结法冻结速度快，冰晶极小，特别适用于软浆果的组织。在生产过程中，通过输送带将水果运输到速冻通道内，并用液氮喷洒立即冷冻。例如，草莓从20°C到-18°C的冷冻时间仅需2min，而草莓的组织状态变化不大。解冻90min后，果汁损失率比单一冷冻吹风机产品低50%，但成本较高。。
　　包装后的冷冻方法适用于：1冷冻糖果；2冷冻软果如覆盆子和草莓过熟水果；3糖浆或糖冷冻零售包装。冻结系统主要采用卧式铝板冷冻机(强制循环时，板表面温度为-4°C，包装厚度为25 mm，冻结时间为30min左右)和固定式冷冻机(通常为-38~-40°C，风速为4~7m/s)。